В годы Гражданской войны Павловскую больницу, как и всю новую систему здравоохранения в стране, ждали суровые испытания: голод, холод, массовые эпидемии. Особенно острой проблемой стали эпидемии.
В то время в сфере обслуживания больницы находилась 1-я часть 2-го Серпуховского комиссариата Замоскворецкого района, то есть медики больницы несли ответственность за здоровье и жизнь десятков тысяч москвичей, проживавших на огромной территории Замоскворечья.
В конце июня 1918 года в Москву с эшелоном матросов, прибывших из Новороссийска, была завезена холера. С 14 июля по 1 сентября на территории комиссариата медики больницы зарегистрировали 32 заболевших! А зимой в город нагрянула другая страшная болезнь: сыпной тиф. И в больнице было открыто специальное отделение для его лечения, состоявшее из двух так называемым «заразных» бараков.
Сохранились сведения, что сыпным тифом заражались и представители медперсонала. В «Санитарном бюллетене Москвы» тех дней написано: «В Павловской больнице зарегистрировано 4 заболевания среди служащих: фельдшерица, коридорный, дочь служительницы и сын служащего. С 19 января по 8 февраля 1919 здесь ещё заболели две служительницы и сестра милосердия».
Осенью 1920 года Москву охватила эпидемия брюшного тифа. И снова коллектив Павловской больницы под руководством главного доктора Николая Александровича Живописцева самоотверженно боролся с эпидемией.
Примечательно, что даже в самые критические моменты эпидемий, в Павловской больнице не было случаев отказов в приёме больных, что, несомненно, свидетельствует о самоотверженной работе медперсонала больницы в тяжелейших условиях.